Основан 29 сентября 1926 года. Шафиркон расположен в 40 км от райцентра.
Много информации о происхождении района имеется в труде «История Бухары» историка Наршахи, жившего в X веке. Согласно произведению, Шапур, один из детей Кисро, представителя династии Сасанидов, приезжает в Бухарскую область после неподчинения своему отцу. Здесь его хорошо примет Бухорхудот.
Шапур любил охотиться и часто охотился в труднодоступных местах. Однажды он отправился на охоту в нынешние Шафирконские земли. Поскольку эта территория еще не благоустроена, это луг и место для охоты, поэтому Шапуру нравится это место, и у него возникает идея улучшить его. Для этого он просит Бухорхудот дать ему долю. Он соглашается. Прежде всего Шопур выкапывает здесь большой якорь и называет его своим именем, то есть Шопурком. Затем вдоль реки строятся деревни. В одной из таких деревень, то есть в деревне Вардона, он построил замок, чтобы иметь себе резиденцию. После его смерти села перейдут по наследству его потомкам. Таким образом будет построен город Шафиркон.
В средние века в Шафирконе развивались торговля и ремесла. Некоторые сведения приведены также в труде Махмуда ибн Вали «Бахр аль-асрар» («География» 17 века). По словам известного писателя Садриддина Айни, в конце 19 - начале 20 веков Шафиркон и окрестные села несколько раз засыпались песком.
Территория района состоит в основном из равнин и песчаных дюн. Северная часть связана с предгорьями Кулюктова (гора Гуджумди) и Кызылкумов (массивы Джилван и Толди), а южная часть связана с орошаемыми землями Зеравшанской долины.
Подготовил Мирзокул Ахадов.