Қоракўлни тарихда Пайкент, Байканд ва Қоракўл деб ҳам аташган. Бир неча минг йиллик «Замон бобо» маданияти ҳам Пайкентда жойлашган. Пайкент ислом дини кириб келишидан олдин турк хоқонликлари даврида салтанат марказларидан бўлган. Араб тилида «п» ҳарфи мавжуд бўлмагани учун уни араб манбаларида «Байканд» деб атай бошлашган. Х асрда яшаб ижод қилган тарихнавис олим Наршахий Пайкент ҳақида қуйидагича ёзади: Байкант (Пайкант) – буни шаҳарлар жумласидан деб ҳисоблайдилар...
Арслонхон Муҳаммад ибн Сулаймон ўз даврида Байкантни қайта қуришга буюрди, кўплаб олий иморатлар ва хоқон (Арслонхон) учун жуда ҳашаматли сарой қурилди. Байкандда жуда кўплаб қамишзорлар ва сув ҳалқоблари туташгани учун уни «Кенг ҳавз» деганлар, Қоракўл ҳам деб аташган».
Заҳириддин Муҳаммад Бобурнинг «Бобурнома» асарида Қоракўл вилоят деб, Муҳаммад Солиҳнинг «Шайбонийнома» китобида «Кўчаси ва қўрғони мустаҳкам шаҳар» дея таърифланган. 1821-йилда Амир Насруллоҳхон имзоси бўлган ҳукмномада ҳам Қоракўл вилоят дея ёзилган. Амир Ҳайдар ўлимидан сўнг Бухорога келган Э. Бернс манғитлар мамлакатини 9 та вилоятга бўлган. Унда ҳам Қоракўл вилоят сифатида таърифланган.
1914–1916-йилларда амир қушбегиси томонидан маъмурий бирликлар қайта рўйхатдан ўтказилган, унда Қоракўл туман ўлароқ қайд қилинган. 1926-йил 29-сентабрда Бухоро вилояти таркибидаги туман сифатида Қоракўл тумани қайта ташкил қилинди.