Шҳтни ташкил этиш тўғрисида Декларацияда Ташкилот органларининг аниқ тузилиши белгиланмаган бўлиб, унда фақат давлат раҳбарларининг ҳар йиллик учрашувлари, ҳукумат раҳбарларининг мунтазам йиғилишларини ўтказиш, миллий координаторлар кенгашини ташкил этиш ва бошқа механизмларни шакллантириш имкониятлари кўзда тутилган.
Хартияга мувофиқ Шҳтнинг асосий органлари қуйидагилардан иборат:
Давлат раҳбарлари кенгаши – Шҳтнинг олий органи бўлиб, бир йилда бир марта йиғилади;
Ҳукумат раҳбарлари кенгаши – энг аввало, буджет ва иқтисодий масалалар учун масъул бўлиб, бир йилда бир марта йиғилади;
ТИВ раҳбарлари кенгаши – Шҳтнинг жорий фаолиятини ўрганади;
Миллий координаторлар кенгаши – Шҳтнинг жорий фаолиятини мувофиқлаштиради ва бошқаради (ҳамкорликни мувофиқлаштириш ва ваколатли давлат вазирликлари ва идораларининг ўзаро муносабатларини ташкил этиш), йилига 3 марта йиғилади;
Шҳтнинг минтақавий аксилтеррор тузилмаси (МАТТ) – терроризм, сепаратизм ва экстремизмга қарши курашишни мувофиқлаштиришга мўлжалланган, доимий фаолият юритувчи орган;
Котибият – асосий доимий фаолият юритувчи ижрочи орган. Пекин шаҳрида жойлашган. 2022 йил 1 январдан буён ХХР вакили – Чжан Мин бош котиб лавозимида ишлайди.
2001 йилдан буён ШҲТ давлат раҳбарлари кенгашининг 21 та мажлиси бўлиб ўтди. Навбатдаги саммит Ўзбекистон раислигида 2022 йил
15-16 сентабр кунлари Самарқанд шаҳрида бўлиб ўтади.
Шунингдек, Шҳтда мунтазам равишда тармоқ вазирлик ва идоралар раҳбарларининг йиғилишларини ўтказиш имконияти кўриб чиқилмоқда.